檢調單位2013年來偵辦57件營業祕密案件，僅27件起訴、不到一半，而判決成立只有2件。新竹地檢署檢察官劉怡君表示，經分析不起訴處分及無罪判決案件主要有3因素。新竹地檢署下午與法務部調查局、竹科管理局、台灣科學工業園區科學工業同業公會在竹科共同舉辦「營業秘密內控措施與犯罪偵查作為」座談會，有81家廠商、上百人參加。法務部長邱太三表示，2013年以來，檢調單位偵辦57件營業祕密案件，有27件起訴，僅2件判決成立。

為協助廠商，邱太三說，經濟部、法務部、科技部、勞動部、國發會與調查局將針對營業秘密組成專案小組，並由調查局與檢察署成立「快打部隊」。劉怡君會中報告「營業祕密案件偵查構思」，她一開場便說，檢調單位不會認為營業祕密案件不重要，與產業界一樣認為營業秘密關係高科技產業知識經濟命脈，牽涉產業國際競爭力。劉怡君以日前偵辦台積電營業祕密案為例，她指出，自收到案件到執行搜索不到24小時，並在12小時後將被告限制出境。 整個案件自收案到結案起訴共歷時3個月時間，劉怡君說，過程沒任何拖延，這是檢調單位與業者通力合作的結果，雙方合作愉快。 不過，劉怡君表示，營業秘密案件戰況艱困，經分析不起訴處分及無罪判決分析案件，主要是欠缺合理保密措施、營業秘密不特定與欠缺秘密性3因素。

劉怡君說，有些企業內部欠缺稽核系統，無相關紀錄，除搞不清楚被告偷了什麼，也無法證明。 劉怡君感嘆廠商對檢調單位誤會，目前已無互信基礎，她說，廠商與檢調人員應互相理解，立場一致，充分溝通減少摩擦，並尊重專業建立合作，建立完整互信與共同目標，才能使偵查營業秘密案件成功。

營業秘密為公司重要之資產，受我國營業秘密法之保護。惟應注意的是，並非公司所有與方法、技術、製程、配方、程式、設計或其他可用於生產、銷售或經營之資訊皆為我國營業秘密法所保護之「營業秘密」，仍須符合特定要件方為營業秘密法保護之標的。

另外，除了營業秘密法，公司亦可考慮以保密合約及競業禁止條款等方式保護公司之重要資訊。

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